Günümüzde milyonlarca hasta yanlış ya da tanısı konmamış genetik hastalıklardan nedeniyle sorun yaşıyor. Aslında çözüm genetik şifrelerin saklandığı DNA’da gizli…
Tüm canlılarda olduğu gibi, insanda da büyümenin, gelişmenin, çoğalmanın ve yaşlanmanın temelinde genetik yapı çok önemlidir. Her canlıda olduğu gibi insanlardaki organlar da hücrelerden oluşmaktadır. Vücudumuzda trilyonlarca hücre bulunmaktadır. Her hücrenin içinde çekirdek yer almaktadır ve bu çekirdek genetik şifrelerin saklandığı DNA’nın bulunduğu yerdir.
Kromozomlar, canlı vücudundaki neredeyse tüm hücrelerin çekirdeklerinin içinde yer alan, sıkıca sarılmış DNA paketleridir.
Her hücrede yarısını anneden yarısı babadan gelmek üzere toplam da 46 kromozom bulunmaktadır. Kromozomlarımızın her birini oluşturan DNA, binlerce gen içerir. İnsanda yaklaşık 30 bin gen bulunur ve genleri oluşturan DNA ise, 3.5 milyar Adenin Guanin Timin ve Cytosin (AGTC) harf dizisinden oluşmaktadır. 3.5 milyar harften oluşan bu kodlar her bireyin kendi genetik şifresini ve kitabını oluşturmaktadır.
Genetik hastalıklar; kromozom hastalıkları, tek gen hastalıkları, mitokondrial hastalıklar ve çoklu faktoriyel hastalıkları içermektedir. Genetik hastalıkların tanısının koyulmasında farklı test yöntemleri uygulanmaktadır. Tek gen testleri, panel testleri ve microarray testleri daha önceden belirlenmiş bir gendeki bilinen varyantları incelerken son yıllarda gelişen teknoloji ve maliyetlerdeki azalmalar ile birlikte, tüm genlerdeki fonksiyonel proteinleri kodlayan EKZON bölgelerini inceleyen, Tüm Ekzom Sekans Analizi (WES) ve tüm GENOM’umuzu inceleyen, Tüm Genom Sekans Analizi (WGS) gündeme gelmiştir.
Tüm ekzom dizileme analizi (WES) yaklaşık 20 bin gendeki ekzonları yani protein kodlayan bölgeleri kapsar. Bugüne kadar hastalıklara neden olan mutasyonların yaklaşık yüzde 85’inin ekzonların içinde bulunduğu gözlemlenmiştir ve bundan dolayı WES analizi yüzde 85 oranında bilgi sağlamaktadır.
Tüm Genom Dizileme Analizi (WGS) ise protein kodlayan ve kodlamayan (Ekzon&Intron) tüm bölümleri yani genomun yüzde 99’nu kapsamaktadır. Bilinen tek nükleotid varyantlar (SNV), küçük yerleştirmeler ve silmeler (Insertions&Deletions), yapısal varyantlar (SV’ler), büyük kopyalı nükleotid varyantlar (CNV) taranmaktadır. Ayrıca somatik hücrelerde varyantların tespitinde WGS kullanılmaktadır. Bu nedenle somatik kanserlerin tanı ve tedavisine rehberlik edecek varyantları tanımlayan en gelişmiş teknolojidir.
Tüm Ekzom Analizi (WES) yüzde 85 oranında genetik bilgi sağlarken, Tüm Genom Analizi (WGS) de kodlanan, kodlanamayan varyantlar, Delesyonlar, Duplikasyonlar, CNV ler (Copy Number Variation) bakılarak yüzde 99 oranında genetik bilgi vermektedir.
Günümüzde milyonlarca hasta yanlış ya da tanısı konmamış genetik hastalıklardan muzdariptir, çünkü en doğru test, en uygun teknoloji ve ayrıntılı bir genetik danışmanlık uygulanmamıştır. Bu da hastalıkların tanısının konmasında kişilere zaman kaybı ve ekonomik kayıplar yaratmanın yanında psikolojik sorunlara da yol açmaktadır.
Her ne kadar birçok durumda bu testler bir hastalığın nedenini belirlemek için yeterli olsa da, bu analizler doğal sınırlamalara sahiptir ve bazı durumlarda genetik sebebi tam olarak ortaya çıkartamayabilir.
Son yıllarda tanısı konulamamış hastalıklarda gündeme gelen WES ve WGS bir tanı aracı olarak, daha kolay erişilebilir hale gelmiştir. Sorun olan olguların yüzde 60’ından fazlasında WES veya WGS çok önemli bir rol oynamıştır. Bu başarıda, hasta seçimi, klinik semptomların ve tıbbi kayıtların bir uzman ekibi tarafından incelenmesi ve WES/WGS ile keşfedilen olası genetik çeşitliliklerin ve mutasyonların klinik ile ilişkisinin tesbiti ve klinisyen ile genetik doktorunun yakın iş birliği çok önemlidir.
WES ve WGS bir şehirde adres aramaya benzetilebilir. Tüm genomu bir şehir, caddeleri genler, sokakları ekzomlar, numaraları evleri bilinen mutasyonlar, yıkık dökük ve kaçak evleri delesyon duplikasyonlar, çıkmaz sokakları CNV’ler, olarak kabul edebiliriz. Hazırlanan klinik bilgiler adres aramada navigasyon görevi yapmakta, ayrıntılı veri tabanı ve teknoloji de aracımız olmaktadır. Aracımız ne kadar son model ve navigasyonumuz da kaliteli ve ayrıntılı olur ise şehire girdiğimizde tüm mahalle, cadde ve sokaklarda aradığımız ev adresini daha kolay ve kısa zamanda buluruz. WGS de WES ten farklı olarak, normal numaralı evler haricinde, yıkık-dökük evler, kaçak katlı evler, çıkmaz sokaklara kadar ayrıntılı taranmaktadır.
Merkezimize başvuran hastaların ayrıntılı klinik bilgileri, daha önce yapılmış tüm testleri ve aile ağacını içeren raporları hazırlanmaktadır. Testler hakkında ayrıntılı bilgi verildikten sonra onam belgeleri imzalanmakta, akabinde alınan kan örnekleri özel kartlara işlenmektedir. Almanya’da bulunan CENTOGENE laboratuvarlarının CENTOPORTAL sistemine girilerek ayrıntılı klinik bilgiler sisteme yazılmakta ve kart örnekleri ertesi gün Almanya’ya ulaşmaktadır. CENTOGENE laboratuvarlarında uzman ekipler tarafından analiz yürütülmekte ve dünyanın en kapsamlı mutasyon veri tabanlarından bir olan CENTOMD de klinik bilgi ile beraber varyantların tüm kökeni ve sınıflandırılması yapılarak yaklaşık iki ay içinde klinik raporlandırma (ham data ile beraber) yapılmaktadır.
Sonuçlar alındıktan sonra, sonuçların kişiye göre ayrıntılı yorumu yapılarak genetik danışma verilmektedir. Ayrıca takip eden hastanın hekimi ile görüşülmekte karşılıklı olarak hastanın klinik ve moleküler yönü tartışıldıktan sonra, kişinin tanısı netleşmekte ve tedavi yöntemi, hekimi tarafından daha net olarak belirlenmektedir.
“Genetik Şifreniz Yaşam Kaliteniz’’ diyerek herkese sağlıklı, mutlu, huzurlu ve kaliteli bir yıl dileriz.
Prof. Dr. Duran CANATAN
